浅水藕适合水位10~20厘米，最大耐水深度50厘米。深水藕适合水位30~50厘米，最大耐水深度1.2米。浅水藕水层管理总的原则是：前浅、中深、后浅。从栽藕到立叶出现时，应保持浅水，以提高土温，促进发芽。一般以保持4~7厘米深的水位为好，随着立叶的出现，水位要逐渐升高为12~15厘米。当终止叶出现后，水位要逐渐降低为4~7厘米。深水藕的水位不易调节，重点是防止汛期受涝，立叶淹没后，应在8小时内紧急排水，使立叶露出水面。
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