番茄侧枝多，易造成荫蔽和颓耗养分，整枝就是人为干预控制侧枝生长，使茎叶生长与果实发育保持平衡，常用的整枝法为：
　　
　　1、单杆式整枝每株只留一条主茎，其余侧枝全部摘除，使养分集中供给主茎，果实大，此法适于肥水充足、密植条件下采用。
　　
　　2、一杆半整枝在单杆整枝基础上，保留主杆第一花序下面的一个侧枝，结1-2台果后摘心，此法能提高早期产量。
　　
　　3、双杆整枝保留主茎，再留一条第一花序下叶腋抽生的侧枝，任其生长形成双杆，其余侧枝全部摘除，此法应适当放宽株行距，或者在肥力不足、亩株数不足及缺塘时可采用此法。
　　
　　自封顶型的番茄不宜采用单双杆整枝，但也不能任其自由生长，应将过密侧枝摘除。如前述侧根与侧枝的发生有同伸关系，为了使侧根能顺利发生与伸展，侧枝不宜过早摘除，应在侧芽长至7-8厘米时摘除。
　　
　　番茄生长后期，枝叶繁茂，通风透光不良，容易导致病害，应及时疏除下部老叶、黄叶、病叶和密叶。
　　
　　最后，在整枝打杈要注意以下3点：
　　
　　1、把握好打杈时间在1天中，最好选择晴天高温时段进行打杈。早晨打杈产生伤流过大，造成养分的流失；中午温度高，打杈后伤口愈合快，且伤流少；如果下午4点钟以后打杈，夜间结露易使伤口受到病菌侵染。
　　
　　2、做好消毒工作打杈前做好消毒工作，防止交叉感染因人手特别是吸烟者的手往往带有烟草花叶病毒及其他有害菌，如消毒不彻底极易引起大面积感染。所以，在进行操作前，人手、剪刀要用肥皂水或消毒剂充分清洗。在打杈时，要有选择性。即先打健壮无病的植株，后打感病的植株，打下来的残体要集中堆放，然后清理深埋，切忌随手乱扔。
　　
　　3、适当留茬很多菜农在打杈时将杈从基部全部抹去。这种做法的缺点在于，一旦发生病菌侵染，病菌很快沿伤口传至主干，且创伤大，不利伤口愈合。正确的做法应该是打杈时在杈基部留1-2厘米高的茬，既可有效阻止病菌从伤口侵入主干，又能使创面变小，有利伤口愈合。