一是莲藕腐败病：又名黑根病、藕瘟。是莲藕生产上的第一大病害，一般在耕作层浅和水浅的老藕田及连作田易发病，影响结藕而减产。它是由藕球茎状镰状菌侵染后所致的莲藕病害，主要为害地下茎、地上部叶片和叶面。
二是莲藕叶枯病是莲藕上的第二大病害，病原是单丝壳属的病原真菌。主要危害荷叶，荷叶边缘先出现淡黄色的病斑，后逐渐向叶片中间扩展，呈黄褐色，最后从叶肉扩及到叶脉，直至全叶枯死。高温多雨，有利发病，藕田肥力不足，病害严重。
三是莲藕叶斑病主要为害叶片，叶柄上有时也可发生，是由棒束孢属的病原真菌危害所致。
防治方法。种植前，用70%甲基托布津1000倍液或75%百菌清800倍液喷雾闷种，盖农膜密闭24小时，晾干后种植。发病初期，用75%百菌清0.5公斤、65%代森锌0.5公斤，加泥土30公斤拌匀后撒入浅水田内，用70%甲基托布津1000倍液、65%代森锌600倍液或1∶1∶160-200波尔多液喷雾防治，一般每隔10-5天喷一次，连喷2-3次。
