混合栽培 有些生产规模小的农户，因设施有限，为图省事，与其他正在生长的蔬菜、花卉等作物在同一个棚内、行间或空地等处混合栽培，苗期管理不能兼顾，因而易感染病虫害或生长不良，带病定植。在生产中栽培棚和育苗棚，不同科属的育苗棚应单独使用。
管理粗放 蔬菜育苗中，常常由于苗床低温或高温、高湿或干旱、缺肥或肥料过盛，以及病虫害防治不及时等，导致幼苗弱小、徒长、花芽分化推迟、花器瘦弱、形成畸形花果、根系坏死或不发新根等，影响产量。要按照各种蔬菜种类的幼苗生长发育特点，搞好温、光、湿、气、肥、水等的管理。
幼苗过密 一些菜农为了节省土地或利用多余的棚头、畦边等，无限制地提高幼苗密度，致使幼苗很快封垄，相互争肥、争光，茎秆细长，叶片小而薄，不能制造足够的养分供花芽分化，移栽定植后缓苗慢，开花结果晚，起不到育苗移栽应有的效果。这种现象在生产中表现也较多，最好采用营养钵，或营养块，或穴盘育苗，有的还需进行假植。
湿度偏大 苗床湿度偏大，温度难以提高，导致根系和植株生长不良，花芽分化少而迟，或苗期徒长，植株抗逆性差，猝倒病、晚疫病等病害偏重发生。特别是早春育苗应宁干勿湿。发现过湿，应采用通风或撒干细土、草木灰等措施除湿。
定植不及时 认为低温期幼苗生长慢，苗龄长几天或短几天影响不大，高温期幼苗生长快，可以说是一天一个样，该定植时不定植，导致育苗床郁闭，幼苗在苗床内开花、结果，影响前期产量。高温期幼苗生长快，被切断的根系老化快。大苗移栽伤根多，伤口不容易愈合，易诱发病毒病。过分地控制生长，则易形成老化苗，定植后缓苗、生长慢。
育苗费事 有的菜农认为育苗太费事，因而随便买些苗或找别人余下的苗定植，幼苗质量得不到保障。如果从病区移苗或定植病苗，根结线虫病、茎基腐病、猝倒病、灰霉病等一旦被带入生产田，当气候条件适宜时，就会发生危害，整个生长期都要受影响，给生产管理和收成带来严重影响。最好从专门育苗单位购进采用基质或营养液培育的幼苗。
