有机黑豆病害较少，主要是虫害。特别要注意豆秆潜遗蝇的发生及防治。
1、豆秆黑潜蝇。豆秆黑潜蝇属双翅目、潜蝇科，是分布范围很广的蛀食害虫，从初孵幼虫经叶脉、叶柄的幼嫩部位蛀入主茎，蛀食髓部及木质部。若防治不及时，将造成严重减产。
①为害特点：幼虫钻蛀为害，造成茎秆中空，植株因水分和养分输送受阻而逐渐枯死。苗期受害，因水分和养分输送受阻，有机养料累积，刺激细胞增生，形成根茎部肿大，全株铁锈色，比健株显著矮化，重者茎中空、叶脱落，以致死亡。后期受害，造成花、荚、叶过早脱落，千粒重降低而减产。
②发生豆秆黑潜蝇一般一年发生4代，尤其是2-3代量大危害重。越冬代成虫盛期在6月上旬。第一代幼虫盛期在6月末，在春播大豆上蛀食为害，成虫盛期在7月中旬，此时迁入夏大豆繁殖。第二代幼虫盛期在7月末8月初。蛀食为害初花期大豆，成虫盛期在8月中旬，此时大豆盛花期。第三代幼虫在8月中旬，大豆末花至初荚期，亦是危害最盛;成虫盛期在9月上旬。第四代幼虫盛期在9月中旬末，为害晚播大豆和绿豆。
③防治措施：a、农业防治：要尽量选用早熟高产品种，不误农时早播，提高植株的抗虫性，以减轻受害。B、糖醋诱杀：在成虫盛发期，盆内放入红糖375克、醋500毫升、白酒125毫升、敌百虫0.5克加开水500毫升，稀释后放置田间，每20-30亩放一盆，上午6-9时，下午5-7时诱杀，可减轻危害。
