增施有机肥和生物肥。棚室蔬菜施肥时，应增加有机肥的施用量，并施用一定量的生物肥，结合深翻土地，改良土壤结构，以切断土壤毛细管，防止表层土壤的盐类积累。深翻土地，还有利于改善土壤通透性，活化土壤，提高地温，加速有机肥的转化吸收利用，提高生物肥的活性，有利于蔬菜作物侧根伸展，增加根系吸收养分和水分的能力，提高自身的抗盐力。有机肥必须经过3-4个月的堆放并充分腐熟后，才能在棚室中使用。
合理施用化学肥料。避免在棚室中使用同一种化肥，单一施肥是土壤盐分升高的主要原因之一。应尽量少用或不用硫化物和氯化物，可选用尿素、硝酸铵、磷酸铵、高效复合肥和粒状肥料，特别注意一次施用量不可过多。基肥采取有机肥全面铺施，化肥在定植时沟施或穴施，避免表施，应施在12-15厘米深度以下，追肥可用化肥和有机肥交替使用。施肥时要看天、看地、看苗进行，追肥或冲施，不少菜农施足底肥后，在生长期追肥或冲施肥时，缺乏科学态度，比如大雨过后或连续阴天，应该追肥，疏松土壤，促进根系下扎；如果连续晴天，地质干燥，又进入结果期，冲施吸收快、养分全、适合施用生根壮苗的腐殖酸或氨基酸肥料进行冲施，而苗期以壮苗为主，应尽量少施或不冲施肥，以减少地表盐分。
