一、通气不畅 草菇是高温型好气性真菌，生长发育过程需要足够的氧气。在栽培过程中为了提高堆温，有时薄膜覆盖时间过长，使料堆中的二氧化碳过多而导致缺氧，小菇因通气不良，排气不畅，难以正常长大而萎蔫。播种1－4天内，要注意每天通风半小时，随着菌丝量的增大和针头菇的出现，要适当增大通气量。
二、缺少水分 草菇的生长需要大量的水分，若建堆播种时水分不足或采菇后没有及时补水；草被过薄保湿性能差，均会导致小菇萎蔫。播种后待菌丝长满形成针头菇前，如觉水分不够，可补一次重水；头潮菇结束后要补足水分，晴天草被要喷水，防止料内水分蒸发。
三、温度骤变 草菇菌丝生长和子实体发育对温度有不同要求，一般结菇温度在30℃左右。但盛夏季节持续高温会致使小菇成批死亡。因此，盛夏酷暑要选择阴凉场地堆料栽培，料上加盖草被并多喷水，堆上方须搭棚遮阴。
四、环境偏酸 草菇菌丝适宜在偏碱性的环境中生长，当酸碱度在pH值6以下虽可结蕾，但难长成菇。采完头潮菇后可喷1％石灰水或5％草木灰水，以保持料堆的酸碱度在pH8左右。
五、水温不适 草菇对水温有一定的要求，如喷20℃左右的井水或喷被阳光直射达40℃以上的地面水，到第二天小菇会全部萎蔫死亡。喷水要在早晚进行，水温30℃左右为好。
六、感染杂菌，发生虫害 用已霉变的稻草等原料作培养料，在不清洁的场地栽培，会导致害虫大量发生，尤其是棉籽壳栽培草菇，螨类发生后料内的菌丝会很快消失，使床面幼菇全部死亡。在草堆内加3％茶籽饼粉或0.2％敌百虫溶液，能起到防治害虫的效果。草菇对农药很敏感，当菇蕾出现时，切忌使用农药。
