1、软腐病:是细菌性病害，以感染茎秆和果实为主。果实发病时，果皮完整光亮，果肉腐烂变软，破裂后散发出恶臭味，易脱落，干燥后变成白色僵果。防治方法有三种:
一是避免在阴雨天或露水未干时整枝打杈，以促进伤口尽快愈合，防止病菌侵入；二是及时防治蛀果类害虫如棉铃虫等；三是发病前或发病初期用72％农用硫酸链霉素可溶性粉剂4000倍液或70％敌克松1000倍液喷施，每隔8－10天喷1次，喷药数次视病情而定。
2、褐色腐败病:是真菌性病害，主要危害接近成熟的果实，多在果实肩部至近果顶处产生浅褐色病斑，后期出现同心轮纹斑，果实表面光滑且不发生软化，湿度大时病部出现灰白色霉层。防治方法有三种:
一是及时摘除病叶、病果，清除遗留地上的病株残体；二是在塑料大棚或温室内栽培的番茄要加强温湿度管理，适时放风排湿；三是于发病初期用25％瑞毒霉800～1000倍液或75％百菌清600～800倍液喷施，每隔7－8天喷1次，连喷2－3次。
3、炭疽病:炭疽病病菌在果实着色前浸染，潜伏到着色以后发病，初生透明小斑点，而后病斑逐渐扩展并变成黑色，稍凹陷，上面着生黑色小点，在潮湿条件下病部还会分泌红色黏液，最后果实腐烂脱落。
防治方法有三种:
一是在重病田要实行与非番茄类蔬菜2年轮作；二是清除病源，及时摘除病果，防止病菌再次浸染，采果后彻底清除地面病株残体，集中烧毁；三是在绿果期用80％炭疽福美可湿性粉剂800倍液或50％多菌灵可湿性粉剂500倍液喷施，每隔8－10天喷1次，连喷2次即可。
