采用药剂进行消毒，通常首选熏蒸法，如采用硫磺粉和氯化苦，另外也可用敌克松300倍液进行土壤消毒。
太阳热消毒是一种经济的消毒法，即在炎热的夏季，当棚内不进行生产时进行，方法是预先将土地耕翻筑畦，然后进行灌水，浸泡土壤，土面再覆盖薄膜；关闭门窗，让其暴晒15-20天，等棚内温度达到50-70度后，再维持5-7天，然后揭膜通风，耕翻土壤，准备使用。这种方法可杀灭病虫害和减少土壤盐碱积累的危害。
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