一、农业措施。注意田园清洁，对受害蔬菜田中的枯残叶、茎，要集中堆沤或深埋，以消灭虫源。在发生代数少、虫量少或保护地内，及时摘除虫叶(株)，并将这些虫叶带出田块或大棚，集中销毁。作物收获后立即深翻，将落地虫蛹翻入土中，使其不能羽化。
二、药剂防治。防治蔬菜斑潜蝇，一定要选用高效、低毒、低残留的药剂，如速灭杀丁、灭扫利、氯氰菊酯、来福灵、绿色功夫、辛硫磷、喹硫磷、爱福丁、阿巴丁、害极灭等，这些农药防治效果均较理想。如用1.8％阿巴丁乳油2500－3000倍液喷雾，药后10天防效达85％－99％，药后15天防效达91％－100％。爱福丁的防效与阿巴丁基本一致。用5％来福灵乳油2000倍液喷雾防效达88％。用药剂防治斑潜蝇提倡轮换交替用药，以防止抗药性的产生。防治该虫的适期在低龄幼虫盛发期。
蔬菜的保护地栽培为蔬菜斑潜蝇提供了良好的越冬场所。该虫不但可在大棚内越冬，而且可在棚内发生，成为危害露地蔬菜的重要虫源。因此，搞好大棚内的防治，可有效地防止该虫在揭棚后向露地蔬菜扩散为害。
