现在是育苗高峰期，由于大多数菜农还是自己育苗，而苗床消毒又达不到标准要求，染病就在所难免了。
第一是猝倒病，连续阴天降雨最易导致这种病害，此病对西红柿苗为害严重，一般在幼苗出土后，遭受病菌侵染，致幼茎基部发生水渍状病斑，继而绕茎扩展，逐渐缢缩呈细线状，幼苗由于失去支撑而倒伏于地面，在苗床湿度过大时，在病苗或苗床上会产生白色棉絮状菌丝。一般的防治方法是避免低温高湿的情况出现，及时放风，更不要在阴雨天浇水。苗期得病后，可以喷施72.2%的普力克水剂400倍，每平方米喷施兑好的药液2～3升。也可以用60%的氟吗锰锌(灭克)可湿性粉剂800倍。
另一种是立枯病，在播种过密或间苗不及时，温度过高都会引发此病，具体症状也是在茎基部发病，颜色变褐，后病部收缩细缢，茎叶萎蔫，最明显的症状是幼苗白天萎蔫，夜间恢复，当病斑绕茎一周时，幼苗逐渐枯死，不倒伏。在发现此症状后，应及时进行防治，可在发病初期喷施20%的甲基立枯磷乳油1200倍或95%的恶霉灵原药3000倍液。视病情隔7～10天一次，连续2～3次。
再是沤根病，在育苗阶段也会发生，在定植后幼苗不长新根，幼根表面开始锈褐色，后逐渐腐烂，叶片变黄，严重的萎蔫枯死，幼苗可以轻易的拔起。发生此病后，要及时松土，增加土层的通透性，也可以喷施植物生长调节剂丰收一号，增强植物抗病性。
