红薯在贮藏期间常发生烂窖，造成很大损失。引起烂窖的主要原因是:
　　１、收藏偏迟和薯皮损伤。红薯是一种喜温作物，在摄氏14℃以下就停止生长，如果收获时大量挖伤或擦伤薯皮，就为病菌入侵打开了方便之门，这样的红薯入窖后就容易腐烂。
　　２、薯窖保温条件差。如果红薯窖挖得太浅，或进窖后覆盖窖口过迟，或窖大而贮藏红薯过少，或严冬季节经常开窖取食，使窖内热气保不住，红薯多次遭低温影响。
　　３、封窖过早换气不够。红薯入窖前期，薯块未进入休眠期，呼吸作用旺盛，温度湿度迅速上升，如果封窖过早，或开窖换气不够，就会造成窖内高温高湿，这样软腐病极易发生。 
　　４、旧窖修整、消毒不好。凡贮藏过红薯，且烂过窖的老薯窖，窖内都有大量的病菌存在。一旦窖内温度低于９℃、湿度在95%时，病菌就很快侵入薯块而造成“烂窖”损失。 
　　防止贮薯烂窖的方法主要有：１．适时收获，减少损伤。２．严格旧窖消毒。入窖前，要将窖内四周老土层清理出去，再用柴草熏烧15分钟左右，并用高锰酸钾或杀菌灵消毒剂喷洒进行消毒，然后在窖底撒一层新鲜生石灰、石灰上铺一层沙土，分层堆放红薯。３．适时封窖，注意通风保温。入窖后15～20天内可不封窖，保持15～16℃，湿度80%～90%，这段时间要注意通风。此后为贮藏期，温度控制在13至15℃为宜。严冬封窖后不要经常开窖，并防止雨雪入窖。