黑果病是当前有机枸杞的主要病害之一。病原菌危害有机枸杞的青果、花、蕾，也危害嫩枝和叶。山东、河北和陕西地区发病最严重，据不完全统计每年造成的有机枸杞减产在50％左右，严重时可减产达到80％。
有机枸杞青果感病后，开始出现小黑点或黑斑或黑色网状纹。阴雨天，病斑迅速扩大，使果变黑，并长出橘红色的分生孢子堆，不能入药。晴天病斑发展慢，病斑变黑，未发病部位仍可变为红色。花感病后，首先花瓣出现黑斑，轻者花冠脱落后仍能结果，重者成为黑色花，子房干瘪，不能结果。花蕾感病后，初期出现小黑点或黑斑，严重时为黑蕾，不能开放。枝和叶感病后出现小黑点或黑斑。
病原菌在病果内越冬，也可以分生在有机枸杞的黑果表面越冬。主要通过风和雨水传到附近的健康花、果、蕾等部位，浸染寄主，进行危害，温度对发病起了促进作用。有机枸杞自5月上旬的初果期至10月中旬的末果期，均可受到该病浸染。初期（5-6月份），日平均气温17℃以上，相对湿度60%左右，每旬有2-3天降雨，田间可发病。盛期(7―9月份)，日平均气温约17.8-28.5℃，旬降雨在4天以上，连续两旬的平均湿度在80％以上，发病率猛增。后期(10月至初霜期)，旬平均气温9.2-14.6℃，田间只要有一天以上的雨日，病害仍会有较重发生。
防治的方法是，冬季清理枸杞园，把染病的果、叶、枝等清除烧毁，初春多施加有机肥料，提升作物的抵抗能力。
