在有机肥料中，有些有机肥，如人畜禽粪便常常带有较多的各种病毒、寄生虫卵、恶臭味等，有些有机肥如杂草等常常带有各种病虫害传染体及种子等，所以一般作生产用的有机肥一般都要经过处理，变有害为无害。目前，有机肥料无害化处理方法有物理方法，化学方法和生物方法三种：物理法如暴晒、高温处理等养分损失大，工本高；化学方法如用化学物质除害，在有机食品生产中不能采用；生物方法如接菌后的堆腐和沤制，在有机食品生产过程中是唯一可采用的方法。有机肥无害化处理的堆、沤方法也很多，现介绍一种“EM堆腐法”。
有机肥EM无害化堆制方法：
各种有机肥+米糠、稻壳+麦秸（粉碎品）→充分拌和均匀→调整含水率约30-40%→将材料平铺高度20-30cm→均匀喷洒EM多功能发酵菌→上面盖透明的聚乙烯薄膜→温度达到45-60。C时翻动3-4次→产生白色絮状毛，无臭气，即为发酵完成。（夏天3-5天可完成，春季10-15天可完成，冬天适当加50。C的温水以加快完成）。发酵完成后仍要堆放数周后再施用，这样可把病原菌、虫卵、草籽和臭气除去，同时可使肥料腐熟，提高肥效。
