对待病虫害的观念与常规农业不同，认为农业生产过程是一种人与自然和谐相处的过程，人类应该尊重自然而决不能充当自然的主宰者，病虫草害也是自然界固有的组成部分，对它们的控制是要充分利用生产系统的自我调节能力即生物间的相生相克原理，以抑制它们的暴发，将其控制在经济危害水平之下即可。因而，菜农在有机蔬菜种植的过程中对病虫害的防治原则一定要遵守。
有机蔬菜种植的过程中，病虫草害防治首先在于采取适当的农艺措施建立合理的作物生产体系和健康的生态环境，提高系统的自然生物防治能力，而并非象现代农业那样力求彻底消灭病虫草害。
这意味着有机蔬菜种植的病虫防治要优先采用农业措施，通过选用抗性品种，非化学药剂的种子处理，培育壮苗，加强栽培管理，中耕除草，秋冬深翻晒土，清洁田园，轮作倒茬、间作套种等系列农艺措施。
同时，在有机蔬菜种植的时候辅之于一些物理措施如利用灯光、色彩诱杀害虫，机械拦阻和捕捉害虫，机械和人工除草措施和生物防治及认证标准中允许使用的植物源和矿物源的农药进行病虫害的防治。
