有机肥原料一般为工农业与生活废弃物，取材广泛，成分复杂，如畜禽粪便，由于饲养方式特别是饲料添加剂的广泛使用，往往带有大量的病原微生物、寄生虫卵、杂草种子，有些还含有药物残留和重金属等。大量研究和实践表明，以废弃物为原料的有机肥，若处理和施用不当，会影响农产品质量、品质，污染农业生态环境。
1）营养障碍
有些有机肥如鸡粪、厩肥等营养成分含量较高，一次性使用量过大时，一方面直接造成肥害，影响植株生长，甚至造成毁苗；另一方面使得土壤氮素硝化作用增强，造成土壤硝态氮的积累，进而可能使植株硝酸盐含量增加。而有些有机肥C/N很高，施入土壤后由于微生物活动的需要将与作物争氮，引起氮素不足。
2）重金属和盐分的积累
某些具有较高重金属和盐分含量的有机废弃物，如城市污泥、生活垃圾等，以及在饲料中添加了含有重金属和盐分（如NaCl）的添加剂等规模养殖场的畜禽粪便或厩肥等，作为有机肥使用时，如果不加以适当处理或控制用量，长期大量施用则会造成土壤重金属污染、盐分累积和作物重金属含量超标。我国《土壤环境质量标准》（GB15168—1995）中规定，农田土壤中铜、锌含量分别高于100、300mg·kg-1时不宜用于种植，特别是蔬菜种植。世界各国对有机堆肥的重金属含量都有规定。
3）动物排泄物中药物残留影响
由于药物具有生物效应，动物用药以后，药物以原形或代谢物的形式随粪尿等排除，残留于环境中，对环境造成潜在影响。随着各国环保意识的增强，人们越来越关注这些药物在环境中的蓄积、转移、转化，以及对人类和其他生物健康的影响，并在国际上形成新的研究热点。
4）病原微生物的扩散与传播
未经处理或处理不当的有机废弃物，往往带有大量动植物病原菌及一些寄生虫卵，成为传播人畜共患病的重要途径。如1996年日本因苜蓿芽生产中使用了受牛粪污染的水源，致使1万多人感染E.coliO517∶H7（出血性大肠杆菌），13人死亡。
5）植物生长抑制作用
未经处理的有机废弃物、未充分腐熟的堆肥产品都可能对种子发芽和苗期生长产生毒害作用。参照国内外对堆肥使用的标准，要求有机肥原料必须经3d（天）以上且高于55℃的温度腐熟，有机肥浸提液种子发芽率应大于90%。
