种植有机番茄，不仅可以施用有机肥，也可以施肥海藻菌肥，它们都是无毒无害、无污染。肥海藻菌肥还具有高效的微生物固氮、解磷、解钾和活化土壤能力，营养成分全面，而且还能提高番茄产量。
肥海藻菌肥在等成本条件下经济作物能增产增收10~20%以上，大棚保护地更高。能使番茄的维生素C含量提高，口感风味品质大大改善。
1、发芽期：有机番茄的发芽期约需7~9天。在此期间可不必施用海藻菌肥，也可适量使用菌肥拌种，能提高发芽率和发芽质量。
2、幼苗期：有机番茄分苗后，结合浇水，每7~10天追海藻菌肥一次，每次每亩用量0.5千克，共追2~3次。也可根外追施，用0.5%的菌肥上清液进行喷施，3~4次即可。
3、开花坐果期此期营养生长与生殖生长矛盾特别突出，不必施肥。主要通过控制水分、划锄等措施调节生长与发育，营养生长与生长、地上部与地下部生长的关系，达到生长与发育均衡。
4、结果期这是施用海藻菌肥的关键时期。从现蕾期开始，应及时追肥浇水。每7~10天浇一次水，保持土壤见干见湿。同时，将海藻微生物菌肥按1：200的比例加水稀释后随水冲施，直至拉秧。
